La palabra maratón puede emplearse tanto en masculino (el maratón) como en femenino (la maratón), según el Diccionario panhispánico de dudas.

En los medios de comunicación pueden encontrarse frases como «Un tribunal rechaza aplazar el juicio por el ataque del maratón de Boston» o «Empieza el juicio por el atentado en la maratón de Boston en 2013», ambas válidas.

De acuerdo con la Academia, el sustantivo maratón, que alude a una ‘carrera pedestre de resistencia’ y, en general, a una ‘competición de resistencia o actividad larga e intensa’, comenzó a circular en el primer tercio del siglo XX con género masculino, aunque más tarde, por influencia del género de prueba o carrera, se extendió su uso en femenino, que también se considera apropiado.

El DPD desaconseja, en cambio, la grafía marathón.

Se recuerda asimismo que los términos maratoniano y maratonista son los adecuados para referirse a los participantes en esa prueba.